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癌癥再現項目發布首批結果

來源:中國科學報 作者: 2017-2-7

摘要: 圖片來源:Stanley Flegler今年,美國加州拉荷亞斯坦福伯翰醫學研究所(SBP)癌癥生物學家Erkki Ruoslahti啟動的一個在癌癥病人身上開展的藥物試驗已步入正軌,但該實驗目前也許正處于險境。這個再現性項目旨在檢驗重要癌癥生物學成果是否可以在獨立實驗室中再現。近日,該項目指出,對于第一階段的5篇備受矚目的癌癥研究......


圖片來源:Stanley Flegler

今年,美國加州拉荷亞斯坦福伯翰醫學研究所(SBP)癌癥生物學家Erkki Ruoslahti啟動的一個在癌癥病人身上開展的藥物試驗已步入正軌,但該實驗目前也許正處于險境。原因是一項雄心勃勃的開放科學計劃發布了第一批結論,Ruoslahti不幸登上了黑名單。

這個再現性項目旨在檢驗重要癌癥生物學成果是否可以在獨立實驗室中再現。近日,該項目指出,對于第一階段的5篇備受矚目的癌癥研究文章,在嚴格按照原始研究的實驗協議下進行重復性驗證后,發現Ruoslahti的研究完全無法重復,而另外4篇結果也不確定。

該項目稱,癌癥生物學領域中一些高影響力癌癥研究文章可重復性非常差。但該項目針對的幾乎所有科學家均表示,癌癥生物學和其他許多領域一樣,經常被證明不能再現,其中的原因包括諸如有問題的試劑、變化無常的生物系統等。

Ruoslahti對這一裁決表示質疑。畢竟,來自美國、歐洲、中國、韓國和日本的至少10個實驗室已經驗證了他在2010年的一篇論文中的觀點,該論文首次報道了一種能夠穿透腫瘤和增強其他化療藥物殺死腫瘤能力的肽的藥物價值。 “也許在我的實驗室里,前后已經有三代博士后都在這個問題上愚弄了自己,難道其他所有人也在犯同樣的錯誤嗎?我很難相信。”他說。

弗吉尼亞州夏洛茨維爾市科學開放中心再現性項目負責人Tim Errington指出,實際上,一次無法重復實驗結果并不能證明原始結論出錯,也不應因此抹黑個人的論文。Errington提到,調查者可以將這些結論作為信息,但不能以此“定罪”。

但Ruoslahti擔憂,由于該項目未能再現其研究結果,將對他獲得DrugCendR公司資助造成障礙。“肯定會有影響,我只是不知道有多嚴重。”他說。

這個名為癌癥生物領域重復性工程的項目于2013年由科學開放中心與科學實驗外包平臺聯合發起,旨在挑選出2010年至2012年間50篇發表于《科學》《自然》《細胞》等頂級期刊的高影響力的腫瘤生物學相關研究論文,進而驗證這些論文的可重復性。

而該項目設立的主要原因是生物技術巨頭安進公司的研究人員在試圖跟蹤幾十篇論文發表的新藥物的潛在治療效果時,發現53篇重要癌癥論文中有47篇不能被復制出來。但由于這些生物公司和相關實驗室簽訂了保密協議,因而并沒有透露他們無法重復實驗的相關文章和詳細細節。

相比之下,癌癥生物領域重復性工程會公布所有結論,因此給Ruoslahti造成了不小的麻煩。但由于資金問題及信息材料獲取困難等障礙,論文數目已由50篇減少到29篇。但被挑選的這些論文毫無例外顯現出的可重復性非常差,而這5項發表在eLife上的研究只是第一批。

就是這5篇論文為癌癥生物領域蒙上了陰影。eLife高級編輯Sean Morrison指出,對Ruoslahti研究的重復完全失敗,還有兩篇文章產生了無法解釋的結果,最后只有兩篇能夠大致重復出來。

據悉,能重復出來的兩篇論文分別是斯坦福計算生物學家Atul Butte實驗室的一篇證明潰瘍藥物西咪替丁可減慢小鼠肺腫瘤的生長的論文,以及一篇指出癌癥基因Myc抑制劑BET bromodomains可以延緩小鼠多發性骨髓瘤生長的論文,而該抑制劑也已進入了臨床試驗。

而產生不確定結果的論文分別是達納·法伯癌癥研究所腫瘤生物學家Levi Garraway團隊報告的當PREX2基因突變后會刺激黑色素瘤的生長,和斯坦福大學干細胞生物學家lrving Weissman指出的針對腫瘤細胞表面受體的抗體CD47可以在小鼠中緩解腫瘤生長。

完全失敗的Ruoslahti的研究認為肽分子iRGD能幫助化療藥物滲透到前列腺腫瘤細胞中,并可使腫瘤體積縮小。然而重復性研究卻發現iRGD在小鼠身上并沒有上述作用。

Ruoslahti卻認為這是因為重復性研究中采用的是商業性iRGD,且在驗證其對腫瘤的效果前并沒有驗證活性。但Errington回應道,之所以用商業iRGD是因為Ruoslahti拒絕提供文章中使用的iRGD。

無論如何,結果一出,有人對該再現性項目表示歡迎,也有人擔心該項目并不公正,而且會影響自己的研究。

“魔鬼藏身于細節之中。” Errington表示,雖然這些結論遭到無數質疑,但最清晰的結果無疑是許多論文包含的研究方法細節過少。重復團隊需要花費數小時與原始論文作者溝通,以確定試驗條款和試劑。之所以如此耗費時間,部分原因是,這些內容通常由實驗室學生和博士后負責,而他們已經離開了這些實驗室。

Errington也承認,技術問題阻礙了研究重現工作,但是這些寶貴的數據決定了為什么獨立研究人員通常無法復制公開發表的研究結果。“發現弱點可以幫助科學家完善更好的實驗設計,更高效率地執行研究。”

無論如何,這5篇文章還僅僅只是這個項目的一個開端


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